普段からjunknewsの情報集めの際に目にしているはずなのに、今日いきなり気になったのが題記の「なぜ熊はクマって書くのだろう」ということ。
さっそくIRCで聞いてみたら、そもそも漢字で記載している動物名って少ないんじゃないのか？ということが分かったので、色々検索してみました。
クマに関しては結論から言うと「常用漢字でないから」というのが答えになりますが、どうもそれだけではない慣習というのがあるようです。
ちなみに上記の答えに繋がった道浦俊彦/とっておきの話 ことばの話489「死亡牛・廃用牛」の2001/12/6の（追記2）によると、
読売新聞社の『読売ハンドブック２００２』によると、「動物、植物の名称で常用漢字で書けないもの」は「カタカナで書く」ことになっています。それで、（注）として、「常用漢字表に含まれている動・植物の漢字〔特別に認められた表外字を含む〕は次の通り。」
○動物
牛 馬 犬 豚 羊 象 鶏 鯨 蚊 蚕 猿 猫 蛇 蛍 亀 鶴 虎
○植物
松 杉 柳 桑 梅 桜 桃 菊 竹 茶 漆 麻 稲 麦 芝 豆 芋 菜 綿 藻 柿
となっています。まず熊については常用漢字ではない時点でカタカナ表記を要求されるというわけです（拉致における「ら致」も同等の理由でした）。
ともあれマスコミ方面については上記の制約を受けるわけですが、動植物や果物を慣習的に漢字で書かないような印象があります。もちろん外来種が多いからというのもあるのでしょうが…。
NHKの放送と言葉Q&Q：植物や動物の名前は、「ひらがな」「カタカナ」「漢字」といろいろな書き方があるようですが、放送では決まりがあるのでしょうか。によると常用漢字ではない場合は「ひらがなで書く」となっていたりします。（参考：CXJ11255：動物命名法解説）
でも末尾にかかれている通りカタカナで書く慣用が強い学術的名称は、カタカナ表記ですので、どうもそれにひきづられているのでしょうか。
スペースアルクによると次のような記述がありますが、結局は可読性に依存してるのかなぁ。
イマイチ煮え切らない展開になってしまった(^^;;
まぁ、当初の疑問は解決できたからヨシとしますか。